Die Betriebsprüfung 2026 steht im Zeichen der neuen Außenprüfungsordnung (ApO), die die Betriebsprüfungsordnung aus dem Jahr 2000 ablöst. Zusammen mit den seit 2025 geltenden Regeln der Abgabenordnung, etwa dem qualifizierten Mitwirkungsverlangen nach § 200a AO und der erweiterten Berichtigungspflicht nach § 153 Abs. 4 AO, werden Prüfungen schneller, digitaler und für Unternehmen verbindlicher.
Für Unternehmen ab etwa einer Million Euro Jahresumsatz ist das Thema nicht abstrakt: Ab dieser Größenordnung stufen die Finanzämter viele Betriebe als Mittelbetrieb ein, und die Prüfungswahrscheinlichkeit steigt. Dieser Artikel erklärt, was sich bei der Betriebsprüfung 2026 ändert, welche Fristen und Sanktionen gelten und wie Sie Ihr Unternehmen vorbereiten.
Inhaltsverzeichnis
Die wichtigsten Punkte vorab:
- Betriebsprüfungen werden zunehmend digital und datenbasiert durchgeführt.
- Steuerlich relevante Daten müssen vollständig und auswertbar bereitgestellt werden.
- Eine GoBD-konforme Buchführung und Dokumentation sind besonders wichtig.
- Fehlende oder widersprüchliche Unterlagen können zu Nachfragen und Nachzahlungen führen.
- Eine frühzeitige Vorbereitung hilft, Risiken zu erkennen und Prüfungen sicher zu meistern.
Was ist eine Betriebsprüfung und wen trifft sie?
Die Betriebsprüfung ist eine Außenprüfung im Sinne der §§ 193 ff. AO. Das Finanzamt prüft dabei vor Ort oder digital, ob Ihre Steuererklärungen, Ihre Buchführung und die zugrunde liegenden Sachverhalte zutreffend sind. Geprüft werden in der Regel mehrere Jahre und mehrere Steuerarten, vor allem Körperschaftsteuer, Gewerbesteuer und Umsatzsteuer.
Wie oft geprüft wird, hängt von der Größenklasse ab. Die Finanzverwaltung ordnet jeden Betrieb nach Betriebsart, Umsatzerlösen und steuerlichem Gewinn einer von vier Klassen zu: Großbetrieb, Mittelbetrieb, Kleinbetrieb, Kleinstbetrieb. Für den Prüfungsturnus ab 2024 gilt zum Beispiel für Handelsbetriebe (BMF-Schreiben vom 15. Dezember 2022):
| Größenklasse (Handelsbetriebe) | Umsatzerlöse über | oder steuerlicher Gewinn über |
|---|---|---|
| Großbetrieb | 14.000.000 Euro | 800.000 Euro |
| Mittelbetrieb | 1.100.000 Euro | 68.000 Euro |
| Kleinbetrieb | 210.000 Euro | 44.000 Euro |
Ab dem 1. Januar 2027 steigen die Schwellen für Großbetriebe (BMF-Schreiben vom 27. April 2026), im Handel auf 14,7 Millionen Euro Umsatz oder 840.000 Euro Gewinn. Die Grenzen für Mittel- und Kleinbetriebe bleiben unverändert. Großbetriebe werden in der Regel lückenlos geprüft, Mittelbetriebe seltener und zunehmend risikoorientiert.
Die Zahlen zeigen, worum es geht: Im Jahr 2024 haben die Betriebsprüfungen der Länder nach dem BMF-Monatsbericht November 2025 bei rund 140.800 geprüften Betrieben ein steuerliches Mehrergebnis von rund 10,9 Milliarden Euro festgestellt, davon 7,6 Milliarden Euro bei Großbetrieben. Die durchschnittliche Prüfungsquote lag bei 1,6 Prozent aller erfassten Betriebe.
Was ändert sich bei der Betriebsprüfung 2026?
Neue Außenprüfungsordnung ersetzt die Betriebsprüfungsordnung 2000
Das Bundesministerium der Finanzen hat am 23. März 2026 den Entwurf einer Allgemeinen Verwaltungsvorschrift für die Außenprüfung, kurz Außenprüfungsordnung (ApO), veröffentlicht. Der Bundesrat hat der ApO am 10. Juli 2026 ohne wesentliche Änderungen zugestimmt. Sie tritt am Tag nach ihrer Veröffentlichung im Bundessteuerblatt in Kraft. Gleichzeitig tritt die Betriebsprüfungsordnung vom 15. März 2000 außer Kraft. Den Entwurf und die Begründung finden Sie auf der Seite des Bundesfinanzministeriums zur Außenprüfungsordnung.
Die ApO ist Innenrecht der Finanzverwaltung. Sie begründet keine neuen Pflichten für Sie als Unternehmer, legt aber fest, wie die Prüfer die gesetzlichen Vorgaben anwenden. Wesentliche Neuerungen sind eine risikoorientierte Fallauswahl, das Ziel zeitnaher Prüfungen, Regeln für die Prüfung von Konzernen und zusammenhängenden Unternehmen, die Mitwirkung des Bundeszentralamts für Steuern an Prüfungen der Länder sowie klarere Vorgaben zu Prüferbesprechungen. Die Umbenennung stellt klar, dass die Vorschrift für alle Außenprüfungen gilt, nicht nur für gewerbliche Betriebe.
Schnellere Prüfungen: Ablaufhemmung und Prüfungsanordnung
Die gesetzliche Grundlage der Beschleunigung ist das DAC7-Umsetzungsgesetz vom 20. Dezember 2022 (BGBl. I S. 2730). Seine Vorschriften zur Außenprüfung gelten grundsätzlich für Steuern, die nach dem 31. Dezember 2024 entstehen. Die Ablaufhemmung durch eine Außenprüfung endet nach § 171 Abs. 4 Satz 3 AO spätestens fünf Jahre nach Ablauf des Kalenderjahres, in dem die Prüfungsanordnung bekannt gegeben wurde. Bislang konnten sich Prüfungen deutlich länger hinziehen. Die Prüfungsanordnung soll nach § 197 Abs. 5 AO bis zum Ablauf des Kalenderjahres erlassen werden, das auf das Jahr des Steuerbescheids folgt. Bereits mit der Prüfungsanordnung kann das Finanzamt die Vorlage von Unterlagen innerhalb einer angemessenen Frist verlangen (§ 197 Abs. 3 AO) und Prüfungsschwerpunkte benennen (§ 197 Abs. 4 AO). Neu sind außerdem Zwischengespräche (§ 199 Abs. 2 AO) und der Teilabschlussbescheid (§ 180 Abs. 1a AO), mit dem einzelne Prüfungsfeststellungen vorab verbindlich festgestellt werden können.
Qualifiziertes Mitwirkungsverlangen und Mitwirkungsverzögerungsgeld
Der für Unternehmen spürbarste Punkt ist § 200a AO. Frühestens sechs Monate nach Bekanntgabe der Prüfungsanordnung kann das Finanzamt ein qualifiziertes Mitwirkungsverlangen erlassen. Kommen Sie ihm innerhalb der Frist von einem Monat nicht oder nicht ausreichend nach, ist ein Mitwirkungsverzögerungsgeld festzusetzen: 75 Euro je vollen Kalendertag, höchstens für 150 Tage, also bis zu 11.250 Euro. Die Festsetzung ist zwingend, es sei denn, Sie machen glaubhaft, dass die Verzögerung entschuldbar ist.
Deutlich schärfer ist der Zuschlag nach § 200a Abs. 3 AO: bis zu 25.000 Euro je vollen Kalendertag, ebenfalls höchstens für 150 Tage. Er kann festgesetzt werden, wenn in den letzten fünf Jahren bereits ein Mitwirkungsverzögerungsgeld festgesetzt wurde oder wenn zu befürchten ist, dass das Unternehmen aufgrund seiner wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit ohne Zuschlag nicht mitwirkt. Das Gesetz nimmt dies insbesondere an, wenn die Umsatzerlöse in einem der geprüften Jahre mindestens 12 Millionen Euro betragen haben oder das Unternehmen zu einem Konzern mit mindestens 120 Millionen Euro konsolidierten Umsatzerlösen gehört. Zusätzlich verlängert eine Mitwirkungsverzögerung die Ablaufhemmung um ihre Dauer, mindestens um ein Jahr (§ 200a Abs. 4 AO).
Erweiterte Berichtigungspflicht nach § 153 Abs. 4 AO
Stellt der Prüfer einen Fehler fest und wird diese Feststellung unanfechtbar, müssen Sie nach § 153 Abs. 4 AO von sich aus prüfen, ob derselbe Sachverhalt auch in anderen, noch nicht geprüften Steuererklärungen oder Zeiträumen unzutreffend erklärt wurde, und diese Erklärungen berichtigen. Die Berichtigungspflicht endet also nicht mehr mit dem Prüfungszeitraum. Wer sie ignoriert, riskiert steuerstrafrechtliche Konsequenzen. Für Unternehmen bedeutet das: Nach jeder Prüfung gehört eine systematische Übertragung der Feststellungen auf die Folgejahre zum Pflichtprogramm.
Digitale Betriebsprüfung: Datenzugriff, Schnittstellen, Beweiskraft
Die Prüfer arbeiten heute weitgehend digital. Nach § 147 Abs. 6 AO hat das Finanzamt das Recht auf Datenzugriff: unmittelbar im System, mittelbar über eine Auswertung durch Sie oder durch Überlassung eines Datenträgers. Mit § 147b AO wurde die Grundlage für einheitliche digitale Schnittstellen geschaffen. Entscheidend ist § 158 Abs. 2 AO: Werden Daten nicht über die vorgeschriebene Schnittstelle oder nicht in der vorgeschriebenen Form überlassen, kann die Beweiskraft der Buchführung entfallen. Dann darf das Finanzamt schätzen. Grundlage bleiben die Grundsätze zur ordnungsmäßigen Führung und Aufbewahrung von Büchern, Aufzeichnungen und Unterlagen in elektronischer Form (GoBD) mit einer aussagekräftigen Verfahrensdokumentation.
Hinzu kommt die E-Bilanz: Für Wirtschaftsjahre, die nach dem 31. Dezember 2024 beginnen, sind die Kontennachweise nach § 5b EStG unverdichtet zu übermitteln. Das Finanzamt sieht damit bereits vor der Prüfung jede einzelne Kontensumme und kann Auffälligkeiten maschinell auswerten. Für Wirtschaftsjahre, die nach dem 31. Dezember 2025 beginnen, ist die Taxonomie 6.9 anzuwenden.
Betriebsprüfung 2026 vorbereiten: Checkliste für Unternehmen ab einer Million Euro Umsatz
- Verfahrensdokumentation aktualisieren. Beschreiben Sie, wie Belege entstehen, verarbeitet, archiviert und geschützt werden. Fehlt die Dokumentation, ist das bereits ein formeller Mangel.
- Datenzugriff testen. Lassen Sie einmal jährlich einen Testexport im Format der Finanzverwaltung erstellen. Prüfen Sie, ob alle vorgelagerten Systeme wie Shop, Kasse, Warenwirtschaft und Zahlungsanbieter vollständig angebunden sind.
- Prüfungsschwerpunkte selbst prüfen. Verträge mit Gesellschaftern und nahestehenden Personen, Geschäftsführergehalt, Firmenwagen, Bewirtung und Reisekosten werden regelmäßig geprüft. Bei Auslandsbezug kommen Verrechnungspreise hinzu.
- Umsatzsteuer im Handel absichern. Für Onlinehändler sind OSS-Meldungen, Marktplatzabrechnungen und Lieferschwellen die Hauptrisiken. Wie Sie diese Fehler vermeiden, lesen Sie im Beitrag Betriebsprüfung im E-Commerce.
- Kassensysteme und Meldungen prüfen. Elektronische Kassen benötigen eine zertifizierte technische Sicherheitseinrichtung und sind dem Finanzamt zu melden (§ 146a AO). Die Kassen-Nachschau kann jederzeit unangekündigt erfolgen.
- Fristenmanagement einrichten. Legen Sie fest, wer im Unternehmen Prüferanfragen innerhalb welcher Frist beantwortet und wie der Steuerberater eingebunden wird. Ein nicht erfülltes qualifiziertes Mitwirkungsverlangen kostet ab dem ersten Tag Geld.
- Berichtigungsroutine nach der Prüfung. Übertragen Sie jede unanfechtbare Feststellung auf die Folgejahre und berichtigen Sie betroffene Erklärungen aktiv.
Typische Prüfungsfelder bei GmbHs und Handelsunternehmen
- Verdeckte Gewinnausschüttung: überhöhte Geschäftsführergehälter, private Nutzung von Firmenvermögen oder Darlehen ohne Fremdvergleich. Prüfen Sie insbesondere die Angemessenheit Ihres Geschäftsführergehalts.
- Umsatzsteuer: innergemeinschaftliche Lieferungen, Reverse-Charge-Verfahren, OSS-Verfahren und Marktplatzumsätze. Eine saubere Marktplatz-Buchhaltung reduziert das Risiko erheblich.
- Betriebsausgaben: Abgrenzung privater und betrieblicher Aufwendungen, Bewirtung, Geschenke, Reisekosten.
- Digitale Buchführung: Vollständigkeit, Unveränderbarkeit und zeitgerechte Erfassung. Eine digitale Buchhaltung mit revisionssicherer Archivierung ist die Basis.
Fazit
Die Betriebsprüfung 2026 wird schneller, digitaler und formaler: Die neue Außenprüfungsordnung, das qualifizierte Mitwirkungsverlangen mit Mitwirkungsverzögerungsgeld, die erweiterte Berichtigungspflicht und die unverdichtete E-Bilanz verschieben die Verantwortung stärker zu den Unternehmen. Wer seine Buchführung, Verfahrensdokumentation und Datenschnittstellen jetzt in Ordnung bringt, reduziert nicht nur das Risiko von Nachzahlungen und Sanktionen, sondern verkürzt auch die Prüfung selbst.
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Die Informationen in diesem Artikel sind nach bestem Wissen und Gewissen recherchiert, zusammengetragen und geschrieben. Sie ersetzen jedoch keine Rechts- oder Steuerberatung. Bitte stellen Sie für eine rechtlich bindende Beratung eine Anfrage. Wir übernehmen keine Haftung für die Richtigkeit, Vollständigkeit oder mögliche Änderung der Sachlage.
Über den Autor: Dirk Wendl ist Steuerberater und Geschäftsführer der Pandotax Steuerberatung GmbH in Köln-Deutz. Seine Schwerpunkte sind internationales Steuerrecht, E-Commerce-Besteuerung und die steuerliche Gestaltung von GmbH-Strukturen.
